隨著生物科技的蓬勃發展，基因改造作物能夠抗蟲害，增加農作物產量，因此基改食品日漸發展。目前台灣市場中常見的基因改造食品，則是黃豆、玉米等加工製品為主。為了強化基改食品標示透明化制度，食藥署自今年7月1日起分三階段施行。
自今年10月1日起正式實施第二階段，未辦理公司登記或商業登記之食品業者販售散裝之黃豆粉、黃豆粒等農產品型態或簡單切割、研磨處理的基改食品原料時，應標示「基因改造」等字樣；已辦理公司登記或商業登記之連鎖業者在販售散裝豆漿、豆腐、豆花、豆乾、豆皮、大豆蛋白製得之素肉產品等初級加工產品，也應標示「基因
改造」等字樣；散裝基因改造食品可用卡片、標籤或插牌等方式進行標示，以利消費者認明及選購。食藥署提醒，若在施行後經查獲無依規定完整標示，可處新台幣3 萬到300 萬元，標示不實則處4 萬到400 萬元罰鍰。違規產品依規定應限期回收改正。
